Atatürk'ün sağlığının bozulmasına ve ölümüne neden olan hastalık konusunda çeşitli iddialar vardır. Bir karaciğer rahatsızlığına dair hemen herkes hemfikirdir. Ancak hastalığın adı konusundaki tartışmalar günümüzde bile devam etmektedir.Ata’nın sağlığı 1937 yılından itibaren bozulmaya başladı. 1938 başlarında  ve halsizlik hissetmeye başladı. Vücudunun çeşitli yerlerinde kaşıntılar meydana geliyor ve burun kanamaları güçlükle önleniyordu.
 
Atatürk'ün sağlık durumunun ciddiyet göstermesi hükümeti de telaşlandırdı. Başbakan Celal Bayar ,Avrupa'dan iki hekim getirilmesini önerse de Atatürk o günlerdeki Hatay sorunu yüzünden hastalığının dışarıda duyulmasının iyi olmayacağını düşündüğünü belirtti ve bunu reddetti. Türk doktorların kapsamlı bir muayene yapmasını kabul etti. 6 Mart 1938 günü beş doktor Çankaya Köşkünde Atatürk'e bir konsültasyon yaptılar ve siroz hastalığı teşhisini yenilediler. Atatürk'ün kesinlikle yoğun çalışma temposunu biraz düşürmesini istediler. Atatürk bu önerilere olumlu yanıt verdi.
 
 Bu muayeneden bir süre sonra Başbakan Celâl Bayar'ın tavsiyesi üzerine Paris Tıp Fakültesi'nden Prof. Dr. Noel Fissenger Ankara'ya davet edildi. Fransız doktor Atatürk'ü muayene etti ve diğer doktorların teşhis ve tavsiyeleriyle örtüşen bir tanı-tedavi ortaya koydu. Fransız doktorun sözleri ve tavsiyeleri ve tavırları Atatürk'ü oldukça memnun eder cinstendi. İlk teşhisten sonra Fissinger Atatürk'e "Efendim, büyük savaşlar kazanmış olabilirsiniz ancak bu olayda vaka sizsiniz ve bende sizin komutanınızım, lütfen bu hususu unutmayınız" telkininde bulunmuş ve Atatürk'de gerçekten doktorun tavsiyelerini ciddi şekilde uygulamıştır.
 
Atatürk'ün rahatsızlığı ve özellikle Avrupa’dan doktor getirtilmesi, dünyada geniş bir yankı buldu. Atatürk'ün ölmek üzere olduğu ve siyasi mirasını kime bırakacağı yönündeki haberler üzerine Atatürk tüm dünyaya sağlıklı olduğunu göstermek istercesine 19 Mayıs 1938 günü Ankara Stadyumu'nda halkın karşısına çıktı. O gün son defa Ankaralıların karşısındaydı. Kutlamalar çok parlak geçti hatta o günün anısına Ankara Stadyumu'nun adı 19 Mayıs olarak değiştirildi.
 
Atatürk aynı gün törenden sonra Mersin’e hareket etti. Daha sonra Adana’ya geçti. Askeri geçit törenleri yaptırdı ve ordunun başında olduğunu herkese gösterdi. Yaptıkları işe yaramıştı, dış basında hastalık, hatta "ölüyor" tarzı haberler kesildi. Fransızlar Hatay konusunda tüm şartları kabul ettiklerini bildirdiler. Ancak bu seyahat Atatürk'ün hastalığını iyiden iyiye arttırmıştı. Atatürk 26 Mayıs 1938 günü son defa Ankara'dan ayrıldı, İstanbul'a hareket etti.
Atatürk, İstanbul'da 1 Haziran 1938'den 25 Temmuz 1938'e kadar Savarona Yatında kaldı. Yaz sıcakları üzerine tekrar Dolmabahçe Sarayına döndü. Bu arada Hatay sorunu da çözüldü ve Türk Ordusu Temmuz ayı başlarında Hatay'a girdi.
 
5 Eylül’de bütün malvarlığını belirli şartlarla, genel başkanı olduğu Cumhuriyet Halk Partisine bıraktı. Kız kardeşine ve manevi çocuklarına, İsmet İnönü'nün çocuklarına para yardımı yapılmasını belirtti. Ayrıca Türk Dil ve Türk Tarih Kurumu'na da belirli miktarlarda yardım yapılmasını istedi.
 
9 Kasım Günü  ve gecesi ağır koma devam etti. Atatürk, 10 Kasım 1938 perşembe sabahı saat 9'u 5 geçe, İstanbul Dolmabahçe Sarayı'nda hayata gözlerini yumdu.
 
Atatürk'ün ölümü Ankara'yı yasa boğarken hemen ertesi gün toplanan TBMM, Atatürk'ün silah arkadaşı ve 1937'ye kadar başbakanı olan Cumhuriyet Halk Partisi Malatya milletvekili İsmet İnönü’yü 348 milletvekilinin oy birliği ile Türkiye Cumhuriyeti'nin ikinci cumhurbaşkanlığına seçti.
 
Atatürk'ün naaşı 16 Kasım 1938 günü Dolmabahçe Sarayı tören salonunda katafalka konuldu. İstanbul halkı Büyük Önder'in önünden saygıyla geçti. Atatürk'ün cenaze namazı 19 Kasım 1938 günü Dolmabahçe Sarayı'nda Diyanet İşleri Başkanı Prof.Dr.Şerefattin Yaltkaya tarafından dualarla kıldırıldı.
 
Ertesi gün Ankara'da başta İsmet İnönü olmak üzere devlet erkanı tarafından karşılanan cenaze TBMM önünde hazırlanan katafalka konuldu.Ankara halkı Atatürk'ün önünden saygı geçişlerini yaptı.
 
21 Kasım 1938 günü yabancı devletlerden gelenlerin de katıldığı çok büyük bir cenaze töreni ile Ata’nın cenazesi Ankara Etnografya Müzesinde ki geçici kabrine konuldu.
 
Ata’nın ebedi istirahatgahı Anıtkabirin yapımına 1944 yılında başlandı.
 
İnşaat aşaması oldukça uzun sürdü ve 1953 yılında tamamlanabildi. Ölümünden 15 yıl sonra 10 Kasım 1953’te Atatürk’ün cenazesi Anıtkabir’e getirilerek toprağa verildi.